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目標區(qū)域高通量測序介紹
目標區(qū)域高通量測序是一種高度特異和靶向的方法，是指采用各種技術手段將待檢測的目標區(qū)域富集之后，進行高通量測序的研究策略。目標區(qū)域的高深度測序可以有效識別基因的變異并對其進行特征譜分析，通常用于分析特定基因組區(qū)域中的DNA變異，尤其是腫瘤的基因組研究。
目標區(qū)域高通量測序的策略與區(qū)別
| 液相雜交捕獲 | 擴增子測序 |
富集策略 | 探針雜交 | 多重PCR |
適用范圍 | 100k<目標區(qū)域<100M | 目標區(qū)域<100k |
檢測變異類型 | SNP、大片段Indels、融合基因、基因擴增等。 | SNP、小片段Indels、基因擴增等 |
核酸起始量 | 100-200ng | 50-100ng |
優(yōu)勢 | 發(fā)現(xiàn)新的SNP、融合基因、大片段Indels等 | 常用于發(fā)現(xiàn)低頻突變(低于0.1%)，可用于ctDNA的研究 |
制約因素 | 探針捕獲效率 | panel擴增均一性 |
擴增子測序
原理：通過設計目標基因組區(qū)域的引物，經(jīng)多重PCR反應擴增將目標區(qū)域DNA富集純化后，進行高通量測序和數(shù)據(jù)分析。通常用于擴增區(qū)域較?。?lt;100k）的情況。
技術流程
技術優(yōu)勢
目標區(qū)域小，測序成本較低，測序深度通?？筛哌_10000X（常規(guī)全外顯子組測序為100X），因此可以發(fā)現(xiàn)低頻的突變。
可選panel：包括現(xiàn)成產(chǎn)品（適合不同腫瘤的基因組合）和個性化定制兩種
Panel類型 | 50 gene | BRCA1/2 | 定制 |
適用腫瘤 | 所有腫瘤 | 乳腺癌 | 覆蓋基因組
|
覆蓋區(qū)域 | 熱點突變區(qū) | 全外顯子區(qū) | |
擴增子數(shù)目 | 207 | 148 | |
Panel大小 | 40K | 17K |
panel名稱 | 適合腫瘤 | 適用樣本 | 應用 |
50 gene panel (可定制) | 所有腫瘤 | FFPE | 從腫瘤組織切片中檢出腫瘤特異性低頻突變，可以應用于腫瘤患者的靶向用藥指導、晚期患者的監(jiān)測、個體化治療的療效評估等。 |
血漿（ctDNA） | 從ctDNA檢出腫瘤特異性低頻突變，可以應用于腫瘤的超早期篩查、腫瘤患者的靶向用藥指導、晚期患者的監(jiān)測、個體化治療的療效評估等。 | ||
BRCA1/2 panel | 乳腺癌 | 全血 | 檢測乳腺癌BRCA1/2易感基因上存在的致癌熱點突變。 |
樣品要求
1、樣品純度要求：OD值應在1.82.0之間；電泳檢測無明顯非特異性雜帶，PCR產(chǎn)物條帶清晰、完整。
2、樣品濃度：純化后PCR產(chǎn)物濃度不低于5 ng/ul。
3、樣品總量：樣品總量不低于200ng。
4、樣品信息：請?zhí)峁〥NA樣品具體濃度、體積、制備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數(shù)據(jù)，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。
服務流程
1、提交項目課題相關需求和資料。
2、與我們的專業(yè)技術團隊討論項目細節(jié)。
3、根據(jù)討論后的意見對實驗方案進行修改。
4、雙方均滿意并達成一致，簽訂技術服務合同。
5、開展實驗，按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。
6、結(jié)題，提供實驗原始結(jié)果和分析結(jié)果、實驗流程、實驗條件等等。
我們的優(yōu)勢
1、游離DNA純化技術能有效去除基因組DNA污染，使定量更準確。
2、擴增子生成技術提高了擴增子生成的均一性，降低測序成本。
3、低頻突變生物分析技術能有效在背景中檢出相關低頻突變。
4、為了克服PCR擴增中引入的人源誤差，在進行任何擴增之前加入UMIs（unique molecular indices），從而保留起始DNA分子的wei一性并克服PCR擴增帶來的假陽性問題，以及文庫構(gòu)建過程中引入的偏差。
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